La SCAHT est soutenue par la Confédération suisse et coopère principalement avec les autorités fédérales suivantes:

Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires, OSAV
Office fédéral de l'agriculture OFAG
Office fédéral de l'environnement OFEV
Office fédéral de la santé publique OFSP
Secrétariat d'Etat à l'économie SECO
Institut suisse des produits thérapeutiques Swissmedic

Les principaux partenaires académiques et partenaires du SCAHT sont les hautes écoles suivantes:

Université de Bâle
Université de Genève
Université de Lausanne
l'École des Sciences de la Vie FHNW

Le SCAHT travaille en liaison étroite avec les institutions nationales suivantes:

Centre universitaire de médecine générale et de santé publique (unisanté)
Haute école du paysage, ingénierie et architecture de Genève (hepia)
Fondation pour la formation en ligne en sciences de la santé (HSeT)
Centre suisse d'écotoxicologie appliquée (Centre Ecotox)
Institut Suisse de Bioinformatique (SIB)
Registre suisse de toxicologie
Société Suisse de Toxicologie (SST)
Hôpital Universitaire de Bâle
Hôpital Universitaire de Genève (HUG)
Hôpital du Valais

Les employés de SCAHT sont membres de comités ou participent à des projets avec les organisations et sociétés scientifiques européennes et internationales suivantes:

Institut fédéral d'évaluation des risques (BfR), Allemagne
Fédération européenne des toxicologues et sociétés européennes de toxicologie (EUROTOX)
Association européenne des centres antipoisons et des toxicologues cliniques (EAPCCT)
Centre européen d'écotoxicologie et de toxicologie des produits chimiques (ECETOC)
Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA)
Institut international des sciences de la vie / Institut des sciences de la santé et de l'environnement (ILSI-HESI)
Organisation de coopération et de développement économiques (OCDE)
Organisation mondiale de la santé / Programme international sur la sécurité chimique (WHO-IPCS)